En un partido de revancha contra Auburn en el Iron Bowl, Jones logró una victoria con 302 yardas y 5 touchdowns.
En el campeonato nacional, Jones nuevamente lanzó 5 touchdowns para derrotar a los Ohio State Buckeyes.
Gracias a sus 4,500 yardas, 41 touchdowns y sólo 4 intercepciones,[4] Jones quedó en el tercer lugar de la votación del Heisman Trophy, el cual es otorgado al mejor jugador de la temporada.
En esta temporada, Jones sufrió una lesión que lo forzó a perder 3 partidos, y cuando regresó se encontraba en una competencia por el puesto titular con Bailey Zappe.
Los Patriots no quedaron en un puesto de los playoffs, terminando con 8 victorias y 9 derrotas.