Como Magdalena Guillermina tenía manchas en su piel y una gran nariz, no cumplía con los ideales de belleza de Carlos Guillermo, que amaba a las mujeres hermosas.
Después que ella diera a luz a un hijo y heredero, la pareja se separó.
Cuando en 1715 Carlos Guillermo fundó su nueva residencia Karlsruhe, sólo él se trasladó al nuevo palacio, mientras su esposa permanecía en el castillo de Karlsburg.
Después de que Carlos Guillermo muriese en 1738, Magdalena Guillermina ocupó un puesto en la regencia de su nieto (1738-1742), que contaba entonces con nueve años de edad, Carlos Federico I de Baden.
Después de su muerte, fue enterrada en la tumba del margraviato en la Iglesia de San Miguel en Pforzheim.