Magdalena era muy joven cuando quedó huérfana, siendo misioneros extranjeros los que se encargaron de su cuidado y educación.
Les siguió durante su peregrinar por la región, sirviéndoles de intérprete y catequista.
Este le ofreció el hábito de terciaria dominica, ya que no veía objeción en pertenecer a las dos órdenes simultáneamente.
Magdalena aceptó, pero no llegó a profesar los votos porque el padre Jordán fue apresado.
[3] Durante el proceso, las autoridades japonesas intentaron convencerla para que renegara de su fe.
Por su belleza y juventud le ofrecieron el perdón a cambio de que se casara, a lo cual respondió que ella ya estaba casada con Jesucristo, según sus creencias religiosas.
Llegados al lugar indicado, fue colgada boca abajo, de modo que medio cuerpo estaba dentro de la hoya y las piernas afuera, estando además atada a unas tablas para impedir que se moviera.
En esta posición, sin poder tomar ningún alimento y con constantes sangrados, la joven duró con vida trece días, cuando normalmente los torturados así duraban entre tres y cuatro días; y con la presencia continua de los guardias, que tenían orden de no abandonarla hasta que muriera, para impedir que nadie se le acercara.
[3] Para evitar que los cristianos veneraran sus restos, se dio la orden de quemar el cadáver y esparcir las cenizas.