Fue descrito en 1997 por Elizabeth Gomani como miembro de la familia Notosuchidae.
La especie tipo es M. mwakasyungutiensis, refiriendo a Mwakasyunguti, el área del norte de Malaui en donde fue encontrado.
[1] Fue clasificado como miembro de la familia Itasuchidae por Carvalho y otros en 2004.
[2] Malawisuchus fue descubierto en 1989, pero no fue descrito formalmente por varios años.
La articulación de la mandíbula sugiere que procesaba el alimento con un desplazamiento hacia adelante y atrás.