Su envergadura y su atlética fisionomía le permitieron destacarse como un gran defensor en su etapa universitaria.
En enero de 2001, N'Diaye fue traspasado con Keon Clark y Tracy Murray a Toronto Raptors a cambio de Kevin Willis, Aleksander Radojevic, Garth Joseph, una 2.ª ronda y dinero.
Precisamente en ese año firmó sus mejores números, 5.5 puntos y 3 .7 rebotes en 16.5 minutos de media por partido.
En Toronto coincidió con el legendario Hakeem Olajuwon, que, según el propio jugador, fue de tremenda ayuda para el senegalés.
En la temporada 2004-05 N'Diaye fichó por Los Angeles Clippers, con los que sólo disputó 11 partidos con estadísticas de 1.8 puntos y 1.6 rebotes.
En octubre de 2005, Golden State Warriors lo firmó pero fue cortado un mes después, poniendo así punto final a su aventura en la NBA.