La ciudad se localiza en la bahía de Manado, está rodeada por una cadena montañosa.
Tras un breve dominio hispanoportugués, la Compañía Holandesa de las Indias Orientales fundó una fortaleza en 1658.
La ciudad permaneció bajo dominio neerlandés, hasta la Segunda Guerra Mundial, cuando fue invadida por los japoneses.
Una vez derrotado el ejército japonés, la ciudad pasó a control indonesio.
La razón principal para visitar Manado es un hermoso mundo submarino que se encuentra cerca de la costa del norte de Sulawesi, Bunaken National Marine Park.