Fue congresista de la república por la región Cajamarca durante el periodo 2001-2006.
Al año siguiente en 2001, tras la caída del gobierno fujimorista, se convocaron a nuevas elecciones generales en las que Bustamante decidió participar por segunda vez al Congreso de la República como representante de la región Cajamarca.
[3] Finalmente, Manuel Bustamante fue elegido como congresista de la república con 18,715 votos, siendo luego juramentado para el periodo parlamentario 2001-2006.
Al culminar su gestión, intentó ser reelegido en las elecciones del año 2006.
Sin embargo, no tuvo éxito y su partido terminó disuelto en el año 2007.