Cardoso nació en Fronteira, cerca de Portalegre, casi con seguridad en 1566.
Asistió al Colégio dos Moços do Coro,[1] escuela asociada a la catedral de Évora, donde estudió con Manuel Mendes y Cosme Delgado.
En 1588 ingresó a la orden de los carmelitas, tomando sus votos en 1589.
La obra de Cardoso tomó como modelo las composiciones polifónicas de Palestrina, y está escrita en un estilo preciso y refinado, independiente del desarrollo del barroco en cualquier otro lugar de Europa.
Muchas de sus composiciones se basan en motetes escritos por Juan IV o por Palestrina.