En el terreno de la composición, además de escribir varias zarzuelas y una ópera, compuso numerosas piezas breves para piano y para canto, así como obras religiosas, baladas, habaneras e himnos.
Las fantasías pianísticas sobre títulos muy conocidos del repertorio de teatro lírico que escribía Manuel Fernández Grajal, eran muy del gusto de los melómanos, permitiendo así acercar estas obras a los pianistas aficionados.
De hecho, la fantasía sobre El barberillo de Lavapiés, fue tan popular que todavía podía encontrarse a la venta su partitura a finales del siglo XX.
En cualquier caso, durante la década de 1870 los hermanos Grajal obtuvieron grandes éxitos con sus zarzuelas originales y recibieron críticas que les fueron muy favorables, señalándolos como las grandes promesas de la música española y apuntando que la música de estas zarzuelas solía ser muy superior a los libretos y a los teatros en los que se representaban.
Hasta su fallecimiento, Manuel Fernández Grajal mantuvo vivo el sentimiento de fomentar la música, especialmente la española.