En 1879, cuando estudiaba en el Colegio Nacional Nuestra Señora de Guadalupe, estalló la guerra del Pacífico.
Apoyado por los cañones de su armada, las tropas chilenas concentraron su ataque sobre los tres primeros reductos.
Bonilla quedó impactado, pero se sobrepuso y corrió para tomar el fusil de un caído, con el que avanzó hacia el enemigo.
Fue herido pero continuó avanzando, hasta que la explosión de una granada Schapnell le alcanzó y destrozó completamente su cuerpo.
En su memoria se bautizó en el Distrito de Miraflores el Complejo Deportivo Niño Héroe Manuel Bonilla.