Tres meses después, Benavídez regresaba al gobierno con apoyo del presidente Justo José de Urquiza.
Para defenderlo de las tropas leales a Benavídez, creó una Guardia Nacional, es decir, milicias urbanas, dirigida por oficiales liberales.
En respuesta, los comisionados – Santiago Derqui, José Miguel Galán y Baldomero García – depusieron a Gómez e intervinieron el gobierno de la provincia.
Tras una prolija investigación, fue llevado preso a Paraná, donde fue puesto en libertad en mayo, sin que se lo acusara formalmente por el crimen.
En 1862 fue elegido senador nacional por su provincia; desde ese puesto apoyó la política del presidente Bartolomé Mitre, sin ninguna figuración especial.
En diciembre de 1872, un pariente suyo, el teniente coronel Agustín Gómez, derrotado en las elecciones para gobernador, se lanzó a la revolución.
El gobierno envió una intervención federal, dirigida por el ministro Uladislao Frías, que abiertamente lanzó una nueva candidatura: la de Manuel José Gómez Rufino.
Pero una latente rivalidad con el presidente Sarmiento, que pretendía controlar el Partido Autonomista desde la capital, le quitó apoyo nacional y financiamiento a sus iniciativas.
Pero Gómez decidió no regresar; se estableció en Chile, mientras los autonomistas sanjuaninos organizaban su partido sin más intervenciones desde Buenos Aires.