Lee pasó toda la temporada de 1985 con los Azulejos, en su mayoría como reemplazo defensivo al final del juego.
Tuvo su primera aparición oficial al bate el 24 de abril contra Kansas City, fue ponchado por el lanzador Mike Jones.
Lee apareció en 35 juegos con Toronto, bateando .205 con un jonrón y siete carreras impulsadas.
Lee se convertiría en el segunda base oficial de los Blue Jays en 1988, jugando en 116 partidos, mientras que bateo .291 con 2 HR y 38 RBI.
En 1989, Lee dividiría el tiempo en la segunda base con Nelson Liriano, y en ocasiones para completar el campocorto con Tony Fernández.
En 1990, Lee conseguiría la mayor parte del tiempo como segunda base, bateando .243 con 6 HR y 41 RBI, ambas marcas personales.
Lee se esforzó en la Serie Mundial, bateando solo .105, sin embargo, los Azulejos derrotaron a los Bravos en seis partidos para ganar el campeonato.
Lee lucharían contra las lesiones durante la temporada, apareciendo en solo 73 juegos, bateando .220 con un HR y 12 RBI.
Se recuperaría en la temporada de 1994, bateando .278 con 2 HR y 38 impulsadas en 95 partidos.