Cuando la guerra estalló, Sanclemente se declaró jefe civil y militar, pero el golpe de Estado contra su tío, que encabezó el vicepresidente Marroquín, lo obligó a entregarle el poder al general José Antonio Pinto.
También se encargó de coordinar una misión internacional para reformar las instituciones militares existentes en ese momento (ya que la aviación colombiana no surgió sino hasta 1921).
Con el apoyo del inspector general del ejército, el general alemán Emilio Körner, se trajo al país a los capitanes chilenos Arturo Ahumada y Diego Guillén.
[8] Otra misión traída por Sanclemente fue dirigida por el teniente Alberto Asmussen, quien asumió la dirección de la Escuela Naval Colombiana, y dirigió varias obras de seguridad y defensa en los puertos colombianos.
Su hijo Ramón se casó con Cecilia París Tavera, quien era hija del militar Eduardo París Forero, sobrino nieto a su vez de los héroes Manuel, José Ignacio, Mariano, Antonio y Joaquín París Ricaurte, y tataranieto del matrimonio París Ricaurte; por su parte su hija Leonor se casó con su primo segundo Noé Domínguez, quien era sobrino de su tía Narcisa, la esposa de Manuel Sanclemente.