Se postuló como candidato a la presidencia ya dentro de un sistema pluripartidista en 1996, cosechando el 47,26% de los votos en una segunda vuelta contra el entonces presidente Miguel Trovoada, aunque no ganó dichos comicios.
Ganó la primera vuelta con la mayoría de votos, pero falló en obtener la presidencia al no obtener los votos requeridos.
[3] Durante la campaña se enfocó en la necesidad de estabilidad política y la promesa de desparacer la corrupción.
[4] Su candidatura venció a la de otros candidatos mayores, incluyendo la de la ex Primer Ministro Maria das Neves, quien declaró "El plan de Pinto da Costa puede traer mayor esperanza a nuestro país".
[5] Algunos analistas han visto que la victoria del expresidente Pinto podrían traer nuevamente las reglas de autoritarismo que se tuvieron en su anterior período en el poder.