Actualmente es segundo entrenador del Mérida Asociación Deportiva.
Manuel Requena de la Dueña ha dirigido a varios equipos de las bases del Real Murcia y pasa a dirigir al Real Murcia CF Imperial en la Segunda División B tras la marcha de José Miguel Campos al primer equipo del Real Murcia tras la destitución de Javier Clemente en diciembre de 2008.
En mayo de 2013 se convierte en segundo entrenador del FC Cartagena.
En la temporada 2013/2014 se convierte en segundo entrenador de La Hoya Lorca CF y Director formativo de las bases del Lorca Fútbol Base, donde estaría durante dos temporadas.
En la temporada 2015/2016 se convierte en segundo entrenador de Granada Club de Fútbol "B", junto a José Miguel Campos, con el que había trabajado en el Real Murcia y la La Hoya Lorca CF.