Su madre era una infanta española, María Luisa, hija del rey Carlos III.
Al igual que ellos, María Amalia recibió una educación algo diferente a la que normalmente se les daba a los niños reales en ese momento: fueron criados por sus padres en lugar de sirvientes e instritutrices, y también se les mantuvo en gran parte fuera de la corte florentina y se les enseñó a vivir con sencillez, naturalidad y modestia.
[1] Debido a que su tío el emperador José II, no tenía descendencia sobreviviente, su padre era el heredero al trono y cuando falleció en 1790 lo sucedió.
La familia se mudó a Viena, aunque no duraría mucho la nueva posición, ya que en marzo de 1792 su padre falleció y en mayo su madre lo siguió, dejándola huérfana con doce años.
Debido a su corta vida, se conoce poco sobre María Amalia, tan solo que vivió en la corte austriaca, se le consideraba reservada y tímida.