María Ana de Wittelsbach-Habsburgo (Múnich, 21 de marzo de 1551-Graz, 29 de abril de 1608) fue una noble alemana.
Fue hija del duque Alberto V de Baviera y de la archiduquesa Ana de Austria (1528-1590).
Sus abuelos maternos fueron Fernando I de Habsburgo, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, y Ana de Bohemia y Hungría, hija del rey Vladislao II de Bohemia y Hungría.
María Ana contrajo matrimonio con su tío materno, el duque Carlos II de Estiria, con quien tuvo quince hijos: