[6] Su labor a cargo del CONACyT ha sido objeto de diversas críticas y controversias.
[57][58][59] El consenso científico en materia de seguridad de alimentos transgénicos es que no presentan mayor amenaza a la salud;[60][57] conclusión a la cual Elena Álvarez-Buylla se opone vocalmente.
[62][59][63] Grupos de científicos, periodistas, estudiantes y ciudadanos han convocado a revisar el plan presentado por Álvarez-Buylla para comandar el Conacyt durante la administración de Andrés Manuel López Obrador.
Entre otras cosas se argumenta que ha sido redactado unilateralmente sin consultar a la comunidad mexicana, que limitará ciertas líneas de investigación con base en su ideología personal; y que presenta una visión divisiva y maniqueísta del conocimiento científico.
[69][70] Asimismo, fue cuestionada por designar a Raúl García Barrios, su exesposo y padre de su hija, como participante honorario de los Programas Nacionales Estratégicos del Consejo.
[72] En julio de 2019, 50 investigadores y científicos del país entregaron una carta a la Presidencia solicitando "terminar con las reducciones presupuestales" y pidiendo "revertir las agresiones" presuntamente realizadas por la titular del CONACyT.
[91][92] Sin embargo, pronto medios señalaron que la tecnología en realidad provenía de la Escuela de Medicina del Monte Sinaí en Nueva York, Estados Unidos.
[93] Durante la presentación, la directora del CONACyT aseguró que la vacuna estaría lista para su uso hacia finales de año.
[97] Durante 11 años, cinco distintas comisiones dictaminadoras negaron su ingreso al SNI.
[98] Sin embargo, a partir de la resolución por disposición: 01/2020 del Consejo Nacional para Prevenir la Discriminación (CONAPRED)[99] se revisó por sexta ocasión su solicitud de ingresar al sistema y, mediante una comisión dictaminadora especial,[100][101] se otorgó a Gertz el máximo nivel posible del sistema.
[102][103][104] El presidente de la comisión se negó a dar declaraciones sobre la decisión[105] y las actas en las que se asentó la decisión de la comisión fueron reservadas.
[114][115] Por estos motivos, las bancadas del partido Movimiento Ciudadano y del Grupo Plural en el Senado de la República solicitaron citar a compadecer a la titular del CONACyT el 29 de septiembre de 2021, pero no lograron un acuerdo parlamentario para ello.
[116] Así mismo, 150 investigadores de todo el planeta emitieron una carta solicitando reconsiderar las acusaciones contra la comunidad científica.
[119][120] Si bien, el Consejo aseguró que la modificación del código no era reciente y que la institución respetaba la libertad de expresión, no desmintió el fraseo normativo motivo de la polémica.
Investigadores y líderes de opinión acusaron que se trató de una maniobra para aletargar los distintos juicios laborales y amparos administrativos que diversos actores mantienen en contra del Consejo.
Es sobrina del economista y vestuarista José Carlos Roces Dorronsoro.