A María Isabel se le enseñó latín, francés, inglés, filosofía, geografía, religión, dibujo, música y danza.
Cuando era niña, participaba en óperas en la corte de Dresde junto a su hermana María Cunigunda.
Al no poder casarse con ella (debido a su compromiso con Carlos IV de España), se le dijo a José que eligiera una princesa de Baviera o Sajonia.
Sin embargo, el archiduque se casó con su prima María Josefa de Baviera, a quien no considera muy bonita, pero confiada.
Tras su fallido compromiso, María Isabel nunca se casó, viviendo en la corte sajona el resto de su vida, durante el reinado de su padre, su hermano Federico Cristián, y su sobrino Federico Augusto I.