Su homicidio, perpetrado por su esposo el príncipe y compositor Carlo Gesualdo, es célebre en las crónicas napolitanas.
De esta unión nacieron dos hijos: Fernando, muerto muy niño, y Beatriz que fallecerá a los doce años.
Este tercer esposo, más joven que ella cuatro años, era también su primo hermano.
Poco después del nacimiento, María comenzó una relación adúltera con el duque de Andria, Fabrizio Carafa.
Gesualdo había dicho que se iba unos días a una partida de caza.
Los tres jóvenes armados salieron, después el propio príncipe, con las manos ensangrentadas, que aún volvió al aposento para rematar a su esposa moribunda.
El compositor aparece igualmente en el docuficción realizado por Werner Herzog para la cadena de televisión ZDF en 1995, Muerte a cinco voces, que evoca la vida atormentada, la leyenda y la obra musical visionaria de Carlo Gesualdo.
María de Ávalos es presentada como «una mujer muy orgullosa» (una donna molto fiera), que pretendía no mantener sus amores secretos.