Marquinhos comenzó su carrera profesional en 1996 con el CD Ourense, que disputaba por entonces la Segunda División de España.
[1] Los siguientes años jugaría en varios equipos brasileños y japoneses.
En ese mismo año fue galardonado como el jugador más valioso de la temporada.
[2] En 2011 dejó el Kashima Antlers para jugar en el Vegalta Sendai, donde disputó tan solo un partido, a causa del terremoto y el tsunami producido en el país asiático, por lo cual decidió dejarlo e ir a jugar a Brasil en el Atlético Mineiro.
[3] A principios de 2012, regresó a Japón para jugar en el Yokohama F. Marinos donde ya había jugado anteriormente.