Sufrió la crisis y revolución del '90 junto a su hermano, el presidente Miguel Juárez Celman, movimiento que lo despojó de su cargo como gobernador.
En esos días fue común encontrar en la prensa acusaciones de adversarios o víctimas del caudillo.
Las acusaciones hablaban de coimas, fraude, amenazas, intimidación, etc. A lo que el caudillo respondía con juicios por injurias.
Dentro de la policía organizó una asociación secreta apodada La Cadena, cuyos objetivos eran hacer embrollos en los comités, incentivar el fraude en los actos electorales e intimidar a los políticos opositores.
La obsecuencia política y el personalismo de los Juárez se vería abonada al colocar sus nombres a localidades, plazas, calles, etc.
El diario El Nacional afirmaría: El número de electores alcanzaba a 51, y 51 sin faltar uno solo, votaron por el hermano mayor del Presidente y hermano mayor del Santísimo Panal, sus dos títulos más prominentes para haber alcanzado la gobernación de su terruño.
El canal Huergo tenía como finalidad transformar a Córdoba en puerto con salida al mar por el río Paraná, eludiendo el poder de Buenos Aires.
El 15 de mayo apareció la Unión Cívica local que tuvo como presidente al doctor Juan M. Garro, acompañado por figuras como Pedro C. Molina, José María Ruiz, Felipe Díaz, Agustín San Millan y Temístocles Castellano, entre otros.
A pesar de los bríos del gobierno por controlar la información, especialmente la que se enviaba por telégrafo desde Buenos Aires a Córdoba, los diarios locales continuaban amparando con vehemencia sus respectivas ideas: Los Estados y El Interior defendían las acciones oficialistas; mientras que El Porvenir, dirigido por el presbítero Jacinto Roque Ríos, criticaba abiertamente al gobierno.
Desgraciadamente, otra vez se vivirían duros acontecimientos en los que la intolerancia entre los argentinos cobraría numerosas víctimas fatales.
Al entrever que la lucha legal les estaba vedada por el fraude electoral reinante en las prácticas gubernamentales, con contactos incluso dentro del ejército, decidieron la vía revolucionaria.
Las deliberaciones y la inacción de los insurgentes permitieron al gobierno tomar la iniciativa para controlar la situación.
Era insostenible la situación del gobernador Marcos Juárez, quien debó resignarse a correr la misma suerte de su hermano.