Tras esto, fue admitida en la Universidad de Oxford, en el Lady Margaret Hall.
Fue la primera mujer que obtuvo permiso en Egipto para dirigir su propia excavación.
Junto a su compañera, Janet Gourlay, excavó durante tres campañas (1895–97) en el Templo de Mut, Karnak, Luxor.
Siempre tuvo una salud delicada, lo que le acabó impidiendo continuar las excavaciones a partir de 1897.
Margaret Benson fue la primera mujer que obtuvo permiso del Servicio Egipcio de Antigüedades para dirigir su propia excavación.