[9][10] Cuando Margaret era joven, su madre murió y su padre se volvió a casar, dejándole esta circunstancia mucho tiempo para sí misma.
Las necrologícas escritas por sus amigos atribuyen su interés por la astronomía a su abuelo, un rico agente de banca llamado Robert Murray.
Construyó su propio espectroscopio después de encontrar inspiración en los artículos sobre astronomía en la publicación periódica Good Words.
[11] El interés y las capacidades en espectroscopia de Margaret la llevaron a conocer al astrónomo William Huggins, con quien se casó en 1875.
[11] En 1903, compartiendo este honor con Agnes Mary Clerke, fue elegida miembro honorario de la Sociedad Astronómica Real, un rango anteriormente concedido únicamente a otras dos mujeres, Carolina Herschel y Mary Somerville.