Margarida Cardoso nació en 1963 en la ciudad de Tomar y a los tres años se fue con su familia a Mozambique, donde estaba destinado su padre, que era militar de la aviación portuguesa.
Hasta 1975, año en que regresó a Portugal a la edad de 12 años, vivió en varias ciudades mozambiqueñas, concretamente en la antigua Lourenço Marques (actual Maputo), en Nampula y en Beira.
[1][2][5][6] Tras finalizar sus estudios, comenzó a trabajar en cine en 1983, en la serie Histórias de Mulheres del director Lauro António.
[2][4][7] Se dio a conocer por la película A costa dos murmúrios, en la que explora temas coloniales y poscoloniales, desde una perspectiva muy singular que se evidencia en varias de sus películas.
[17] En 2007 recibió el Gran Premio TOBIS al Mejor Largometraje en el DocLisboa de ese año, por el documental Era Preciso Fazer as Coisas.