[1] Se casó con Ranuccio I Farnesio el 7 de mayo de 1600 en Roma para sellar la paz entre las familias Aldobrandini y Farnesio, y el mismo Papa presidió la ceremonia.
El matrimonio le garantizó a Ranuccio una rica dote y la independencia de su ducado, todavía un feudo de la iglesia confiado a la familia Farnesio.
Margarita se dedicó a su esposo, a pesar de ser un hombre enojado y disoluto que tuvo varios amoríos e hijos ilegítimos.
Inicialmente, su hijo fue puesto bajo la regencia del cardenal Eduardo.
Ocupó el cargo de regente, que lo ocupó hasta que su hijo alcanzó la mayoría de edad a los dieciséis años, en 1628.