Margarita tenía el mismo nombre que su abuela paterna, Margarita de Parma, la hija ilegítima del emperador Carlos V del Sacro Imperio Romano Germánico.
El objetivo político detrás de la unión era probablemente crear una alianza entre los Gonzaga y los Farnesio.
El matrimonio, por supuesto, serviría para dejar atrás la vieja rivalidad entre las dos familias que se remontaba a 1547 cuando Ferrante I Gonzaga organizó una conspiración en contra de Pedro Luis Farnesio, duque de Parma y Piacenza.
Margarita fue llevada a Parma por su hermano,Ranuccio I Farnesio.
Dado que no fue capaz de tener hijos, se vio obligada a retirarse a un convento y tomar los hábitos de monja.