Y fue dirigente de su Partido "Izquierda Demócrata Cristiana".
Pero se sumó a las protestas estudiantiles por dicha prohibición.
Y a raíz de la manifestación estudiantil de febrero de 1965, en la que participó junto a los también profesores López Aranguren, Tierno Galván, García Calvo y Montero Díaz, fue sancionado con la separación de su cátedra durante dos años.
[2] Uno de sus hijos, Enrique, profesor de Medicina, estuvo encarcelado durante tres años por su militancia antifranquista, experiencia que para Aguilar Navarro constituyó, según sus propias declaraciones, "la gran prueba".
Incorporado al PSOE, fue elegido senador por Madrid en 1977 dentro de la candidatura Senado Democrático, junto con Joaquín Satrústegui, de Acción Liberal, y Manuel Villar Arregui, de la Democracia Cristiana.