El gobierno puso en sus manos el antiguo Colegio que habían regenteado los jesuitas, donde Berdugo organizó la enseñanza secundaria.
[4] Por otro lado, los jesuitas juraban obediencia prioritaria al Papa, con lo que estaban obligados a apoyar la política de éste, de oposición al antiguo patronato real, que Rosas ejercía en su provincia.
Presionados y denigrados por los federales, no sufrieron prisiones ni agresiones en Buenos Aires.
Por el solo hecho de ser opositores a Rosas, fueron recibidos amistosamente en Montevideo, desde donde Berdugo continuó gobernando los colegios que quedaban en San Juan y Córdoba, además del de Montevideo y otro en Santa Catarina, Imperio del Brasil.
Berdugo se trasladó a Roma, donde ejerció diversos cargos en la estructura interna de la Compañía.
En 1856 fue nombrado director y padre espiritual del colegio jesuita de Roma.