Una habilidad única en Mario & Luigi son los Ataques Tándem que se vuelven disponibles después de aprender nuevas técnicas.
Nota: Ella es el único personaje principal que fue creada para la serie Mario & Luigi, siendo incluida desde Mario & Luigi: Bowser's Inside Story para la Nintendo DS en 2009 y apareciendo en todas las entregas posteriores de la serie a excepción del remake de Mario & Luigi: Superstar Saga + Bowser's Minions para Nintendo 3DS, porque ella no aparecía en el juego original de Game Boy Advance (aunque esta aparece en el modo Bowser's Minions como un cameo).
Al llegar la máquina del tiempo al presente, Mario, Luigi y el Profesor E. Gadd (Creador de la máquina del tiempo) encuentran que la máquina está casi destruida, y en su interior había un extraño monstruo, Mario y Luigi descubren un portal temporal que los lleva al pasado, donde ellos se encuentran a ellos mismos pero en bebés, y descubren que para salvar a la Princesa Peach necesitan encontrar los fragmentos perdidos de la Estrella Cobalto (Que le da poder a la máquina de tiempo) para infiltrarse en el Castillo Shroob y derrotar a la Princesa Shroob para salvar el Reino Champiñón del pasado.
En el presente, el Reino fue descubierto y bautizado como la Isla Amodorra, donde Mario, Luigi, la Princesa Peach y varios Toads fueron invitados para pasar unas vacaciones, sin embargo durante el turismo del Castillo Amodorra, Mario y Luigi encuentran una almohada de piedra, llegando a un museo dentro del Castillo, Luigi se acuesta en la almohada, y esta abre un portal que conecta al mundo de los sueños, donde Peach es arrastrada dentro por una nube de humo púrpura que resulta ser Antasma, Mario entra para rescatar a la Princesa y allí encuentra un esquirla de pesadilla, que al romperla rebela que el Príncipe del antiguo Reino Amodorra, llamado Oniberto estaba atrapado dentro de la esquirla.
Al igual que todos los habitantes del Reino Champiñón de Papel, Bowser también sale cuando el libro es abierto por accidente.
Únicamente los Koopalings no tienen su versión de papel en este juego (Debido a que en aquel entonces no habían aparecido en ningún juego de Paper Mario hasta Paper Marioː Color Splash lanzado 1 año más tarde).
Los BFF se presentan al castillo de Bowser comentando que ellos tienen la cura para el Globus, y luego de hacer una prueba en un Goomba que también tenía Globus y viendo como este logró curarse, convence a Bowser Jr.