Luego de sus buenas actuaciones en Wanderers, Peñarol se hace con sus servicios en 2007, club del cual es hincha.
En el club permaneció hasta 2008, donde disputó 18 partidos y ganó el Torneo Clausura, título que lo llevaría a disputar las finales por el Campeonato Uruguayo frente a Defensor Sporting, equipo que finalmente se terminaría consagrando campeón.
En el primer partido oficial con Indios, contra Necaxa, fue titular, pero a los 13 segundos se lesionó gravemente y no jugó más en México.
Esa incidencia le cambió la vida y fue, de cierta forma, lo que le apresuró su retiro del fútbol.
Mario Álvarez, a finales del año 2011 tuvo que abandonar el fútbol profesional a consecuencia de las numerosas lesiones sufridas, retirándose muy joven.