Realizó sus estudios escolares en el Colegio Sagrados Corazones Belén de Lima.
Se incorporó al servicio diplomático peruano en 1991 y se ha desempeñado hasta la fecha en el área de Soberanía Marítima del Ministerio de Relaciones Exteriores del Perú, así como en las Embajadas peruanas en Francia, Reino Unido, Países Bajos, Rumanía y Grecia.
Marisol Agüero es catedrática titular de Derecho del Mar en la Academia Diplomática del Perú y ha dictado cursos y conferencias en diversos centros académicos del Perú y del extranjero, entre los que destaca la Universidad de Cambridge, Reino Unido, y la Universidad de Sevilla en la Maestría sobre Planificación Marina organizada por el Programa Erasmus Mundus de la Unión Europea.
En junio de 2004 fue incorporada a la Sociedad Peruana de Derecho Internacional en reconocimiento a los importantes aportes que viene dando en el campo del Derecho Internacional.
Entre las distinciones que ha recibido se encuentran la condecoración "Orden al Mérito por Servicios Distinguidos" en los grados de Oficial, siendo Primera Secretaria en el Servicio Diplomático (2004), y en el grado de Comendador, en la categoría de Consejera (2008), ambas impuestas por el Gobierno peruano, en reconocimiento a su destacada trayectoria profesional en el Servicio Diplomático del Perú.