En la temporada 2006-07 estuvo cedido en el Vecindario, donde debido a las lesiones solo disputó 18 partidos.
De nuevo, esta vez con Jagoba Arrasate continuó como titular indiscutible en el centro del campo del conjunto realista, a menudo acompañado por Rubén Pardo.
En Champions League también fue titular en prácticamente todos los partidos, aunque la Real cayó en la fase de grupos, con un solo punto.
No obstante, tras la llegada al banquillo de Eusebio Sacristán, y las lesiones de Esteban Granero y Rubén Pardo, Bergara volvió a ser titular.
Después de una larga lesión, reapareció en la jornada 30 ante el Leganés jugando como titular, ante las destacadas bajas del cuadro vasco, pero no volvió a ser más convocado al final de temporada.
En el plano individual, Bergara apenas pudo jugar 6 partidos debido a las lesiones.
Debutó en la primera jornada de la competición como titular ante el Athletic Club en un empate a cero.