Markus Weissenberger (nacido el 8 de marzo de 1975 en Lauterach, Austria) es un exfutbolista austriaco que jugaba como centrocampista.
Weissenberger debutó con Austria en 1999 en un amistoso contra Suecia, sustituyendo a Mario Haas.
No pudo disputar la Eurocopa 2008 que celebraba su país debido a una lesión en la rodilla.