Estudió en la universidad de Alcalá, donde se licenció en derecho canónico.
[1][2] En 1594, Felipe II ganó el pleito sobre el patronazgo real del priorato de Junquera de Ambiá, y nombró a Martín de Córdoba señor y prior de dicho sitio.
Sirvió en este cargo hasta el 8 de noviembre de 1619, fecha en la que subdelegó en Diego de Guzmán y Haro.
[5] A su muerte, en 1620,[6][7] el priorato quedó anexionado a la diócesis de Valladolid.
Se enterró en el convento de San Bernardino de Madrid, bajo la siguiente inscripción:[8]Sepultura de don Martin de Cordoua Prior, y Senor de lunquera, hijo de Andres Ponce de Leon del Supremo Confejo de Eftado del Rey Don Felipe Segundo, fallecio ano de mil y feifcientos y veinte.