Martin Heuberger (Schutterwald, 5 de junio de 1964) es un exjugador de balonmano alemán y posteriormente entrenador, llegando a ser seleccionador absoluto alemán.
Su carrera como entrenador comenzó en marzo de 1995, cuando el entrenador del TuS Schutterwald en aquel momento, el yugoslavo Pedrag Dosen fue destituido, pasando Heuberger a ser jugador-entrenador del equipo.
Ascendió al equipo en 1996, no pudiendo mantenerlo en la máxima categoría de la Bundesliga la temporada siguiente.
Tras un nuevo ascenso, el equipo de Schutterwald jugaría dos nuevas temporadas en la Bundesliga, si bien la segunda de ellas propiciada por el descenso administrativo del TV Niederwürzbach.
En 2002, pasó a formar parte del cuerpo técnico de la Federación alemana de balonmano, siendo el entrenador de su selección junior hasta 2011, siendo elegido por la misma como sucesor en la selección absoluta de Heiner Brand tras haber ostentado el cargo desde 1997, y del cual había sido también Heuberger asistente en la selección absoluta anteriormente.