Encontró al padre Julian Tenison Woods quien quería fundar una congregación religiosa.
Las Josefinas comienzan nuevamente a trabajar en el Outback y en otras ciudades australianas.
Delicada de salud, en 1901 tuvo una hemorragia cerebral que la dejó mentalmente frágil y perdió su movilidad.
Desde su muerte, ella atrajo a gran veneración en Australia como símbolo de la Iglesia Católica.
Existe una capilla en su memoria, la Mary MacKillop Memorial Chapel, que fue abierta en el norte de Sídney en 1914 y actualmente es el lugar donde reposan sus restos.
En 1973 Mary MacKillop fue propuesta para la beatificación y así en 1995 llega a ser la primera australiana en ser beatificada.