[1] Al igual que otras masacres no tuvo una razón específica aunque la hipótesis más aceptada fue por la supuesta ayuda de los campesinos a las guerrillas del ELN y EPL y la presencia de las FARC-EP en la zona.
Los asesinos se burlaron de su acto y convirtieron a El Tomate en un pueblo fantasma.
La Masacre de El Tomate quedó impune desde la fecha, ya que la investigación realizada no arrojó resultados concretos.
En un principio se creyó que la masacre la cometieron guerrilleros del EPL y ELN, sin embargo, estos desmintieron su participación y comparando con lo sucedido en la Masacre de La Mejor Esquina se concluyó que los paramilitares habían cometido la matanza en alianza con las Fuerzas Militares cercanas a la zona.
Noticia del incidente en www.semana.com (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).