En 1939 fue nombrado consejero gubernamental y ese mismo año reclutado en el ejército.
En 1945 Klinkowski fue gestor de la sucursal en Aschersleben del Instituto Central de Ciencias Biológicas (ex Instituto Biológico Imperial), expandiéndose en un importante centro fitomédico.
Durante el tiempo que trabajó en el Instituto Imperial Biológica en Klinkowski con problemas fisiológicos y ecológicos en la agricultura.
En 1937 llevó a cabo una expedición científica por España, Portugal, norte de África examinando diversas formas silvestres y cultivadas de forrajeas.
De manera ejemplar alentó a su personal para colaboraciones fructíferas.
Erich Ernst editó en tres volúmenes, el Manual de "Phytopathologie und Pflanzenschutz" (1965-1968; 2ª ed.