[1][2][3] Sus defensores afirman que los tratamientos aplicados, son basados en las "causas fundamentales" de las enfermedades, en función de las interacciones entre el medio ambiente y los diferentes sistemas del cuerpo humano, como el gastrointestinal, endocrino e inmunológico, de manera que, se indican diversos procedimientos dependiendo de dicho contexto.
[8] Sin embargo, la disciplina de la medicina funcional está vagamente definida por sus promotores.
[5] El oncólogo David Gorski ha escrito que la vaguedad en sus tratamientos es una táctica deliberada que hace que la medicina funcional sea difícil de desafiar y confrontar, añadiéndole el hecho de que, por lo general, su práctica se basa en procedimientos de prueba costosos e innecesarios, realizados en nombre de la atención médica "holística".
[12] Un practicante de medicina funcional diseñará una "matriz" a partir de estos factores que funcionará como pilar fundamental para el tratamiento.
[1] Los profesionales de la medicina funcional aseguran diagnosticar y tratar afecciones que los estudios de investigación han descubierto que no existen realmente, como la fatiga suprarrenal y diversos desequilibrios en la química corporal.