A pesar de compartir el mismo título, no tiene relación con las versiones de Mega Man 3 de Nintendo Entertainment System o Game Boy.
Muchos de los gráficos fueron reutilizados del juego DOS anterior.
Igual que el título anterior ha recibido duras críticas por los gráficos, carecer de la música de fondo y la jugabilidad mediocre.
Los fanáticos consideran que su historia no es canónica para la serie principal.
Estos maestros robot son muy similares en diseño a los que se encuentran en las versiones de NES de Mega Man 2 y Mega Man 3.