[1][2] Su taxonomía es extremadamente compleja y objeto de disputa.
Esta especie es un miembro del complejo M. guatemalae, que también incluye al autillo vermiculado (M.
[3] Todas las veces se consideran congéneres bajo el nombre Autillo guatemalteco (M.
Parece que hay pocas o ningunas diferencias vocales entre las poblaciones en el norte de Venezuela, Tepuy y el bajo el este de la precordillera, y la división entre la canción del Megascops guatemalae de un largo trino, y la canción del Megascops centralis de un corto trino, parece estar en Costa Rica (en lugar de Panamá, donde aparecen todos con el cantar del Megascops centralis).
[1][2] Es sustituido por el estrechamente relacionado Megascops hoyi en el sur de Bolivia y el noroeste de Argentina,[4] y una población en las montañas de Santa Marta en Colombia puede representar una nueva especie, no descrita científicamente.