vemos también que llegan 2 de los nuevos aliens que se llevan a 2 marcianos y se los van comiendo, llega otro alien y le propina un golpe al General Morden y este cae al suelo, y finalmente Rootmars, logra salir del mar, no lo volvemos a ver, sino hasta la misión 4, cuando parece que éste captura al jugador pero no, Rootmars ayuda al jugador a acabar con la nueva amenaza alienígena, esta vez, Rootmars tiene 2 disparadores a un lado de su cerebro, con ellas les dispararás a los aliens nuevos, si se acercan muchas cosas más, utiliza sus ondas cerebrales para acabarlos con facilidad, pero trata de no usarla tanto.
Vemos que en la última misión los soldados rebeldes se unen al jugador, para ayudarlo a acabar con la nueva raza de alienígenas, después los marcianos son hechos prisioneros por los aliens y el jugador los libera uno por uno, al final te enfrentarás con el líder de los nuevos aliens, un gigantesco monstruo de color gris con negro, con cara de calavera y enormes dientes; éste rompe los pisos con una energía azulada.
A diferencia de los juegos nombrados en el que los marcianos traicionan a los rebeldes y éstos se unen al jugador en turno, ambas facciones se unen al jugador debido a una amenaza mayor, más tarde los marcianos y los rebeldes soldados se unirían de nuevo.
Hay dos modalidades que se pueden escoger al inicio del juego: Fácil y difícil.
El modo fácil disminuye la dificultad del juego y se cambia el arma principal del jugador por una Heavy Machine Gun (ametralladora pesada, con munición infinita); sin embargo, el juego finaliza antes de la quinta y última misión.
El número de personajes jugables se ha ampliado por primera vez desde Metal Slug 2; al equipo original de Marco Rossi, Tarma Roving, Eri Kasamoto y Fio Germi se unen los recién llegados Ralf Jones y Clark Still conocidos principalmente por el videojuego The King of Fighters y protagonistas de Ikari Warriors.