[1] Mientras la metagenómica se enfoca en estudiar el material genético y en identificar microbios que están presentes dentro de una comunidad, la metatranscriptómica puede usarse para estudiar la diversidad de genes activos en dicha comunidad, para cuantificar sus niveles de expresión y monitorear cómo estos niveles cambian en diferentes condiciones (por ejemplo, condiciones fisiológicas frente a patológicas en un organismo).
Son ubicuos y extremadamente relevantes para el mantenimiento de la característica del entorno en el que residen y un desequilibrio en estas comunidades puede afectar negativamente la actividad del entorno en el que residen.
Luego, los resultados se anotan utilizando recursos, como GO, KEGG, COG y Swiss-Prot.
Para lograrlo, se han desarrollado muchos pipelines bioinformáticos diferentes, a menudo como plataformas de código abierto, como HUMAnN y las más recientes HUMAnN2, MetaTrans, SAMSA, Leimena-2013 y mOTUs2.
[14] MetaTrans es una tubería que explota ordenadores de subprocesos múltiples para mejorar el análisis metagenómico y metatranscriptómico.
Para el análisis taxonómico, las secuencias se mapean contra la base de datos ARNr 16S Genesverdes v13.5 usando SOAP2, mientras que para el análisis funcional las secuencias se mapean contra una base de datos funcional como MetaHIT-2014 siempre usando la herramienta SOAP2.
Luego, las coincidencias se agregan con fines de análisis taxonómico y funcional, que generalmente siguen como los últimos pasos del proceso.
Las secuencias de bitscore más altas se interpretan por tanto para predecir el origen y la función filogenéticos.
Una excepción a esto son los genes de mantenimiento que se expresan constitutivamente y con baja variabilidad en diferentes condiciones.
Por tanto, al combinar los dos enfoques es posible tener una representación más completa del transcriptoma bacteriano.
La microbiota intestinal ha surgido en los últimos años como un actor importante de la salud humana.
[26][27] En cuanto a la relación entre la EII y la microbiota intestinal, se sabe que existe una disbiosis en pacientes con EII, pero los perfiles taxonómicos microbianos pueden ser muy diferentes entre los pacientes, lo que dificulta la implicación de especies o cepas microbianas específicas en el inicio y la progresión de la enfermedad.
Además, la composición de la microbiota intestinal presenta una alta variabilidad en el tiempo entre las personas, con variaciones más pronunciadas en pacientes con EII.
[28] Las alteraciones en la actividad transcripcional en la EII, establecidas en la expresión del ARNr, indican que algunas poblaciones bacterianas están activas en pacientes con EII, mientras que otros grupos están inactivos o latentes.
Esto sugiere que la disbiosis microbiana afecta la salud intestinal al cambiar los programas de transcripción en una comunidad estable.
Los primeros enfoques de microarrays han mostrado el primer análisis global de cambios en la expresión génica en patógenos como Vibrio cholerae, Borrelia burgdorferi, Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae y Salmonella enterica, revelando las estrategias que utilizan estos microorganismos para adaptarse al huésped.
Además, los microarrays solo proporcionan los primeros conocimientos globales sobre la respuesta inmune innata del huésped a los PAMP., como los efectos de la infección bacteriana sobre la expresión de varios factores del huésped.
De hecho, se ha realizado una anotación del genoma para algunos patógenos eucariotas, como Candida albicans, Trypanosoma brucei y Plasmodium falciparum.