Estos dos no guardan relación directa con la trilogía: Pinball emplea elementos de Metroid Prime 1 para desarrollar un curioso pinball y Hunters desarrolla una historia conmprendida entre Prime 1 y Echoes, pero que no guarda relación argumental.
La historia de la trilogía gira en torno a una sustancia denominada Phazon, un mutagénico de gran potencial que los Piratas espaciales intentan por todos los medios explotar y sacar el máximo provecho para mejorar sus ejércitos en todos los campos y crear mutaciones verdaderamente letales.
Pero lejos de haber sido vencidos, los piratas espaciales buscan un planeta donde poder establecer una nueva base militar y laboratorios.
Poco tienen que buscar hasta dar con Tallon IV, lugar donde una vez vivieron los Chozo, seres mitad hombre mitad pájaro que dejaron los restos de su civilización y su legado tras abandonar el planeta.
Pero Samus no se crio en Tallon IV, sino con los Chozo que vivieron en Zebes.
Lucharon contra él y lograron encerrar la fuente principal de la sustancia, el cráter del impacto, bajo un gran templo Chozo cuya entrada solo se abriría si se poseían los 12 artefactos Chozo necesarios.
En su huida Samus pierde todas sus habilidades debido a una explosión y ve huir a su enemigo Ridley, resucitado por los piratas, al planeta Tallon IV, que se encontraba cerca de la fragata en ruinas.
Samus se adentra en las ruinas de la civilización Chozo y poco a poco comienza a abrirse paso por las cavernas subterráneas Magmoor y las simas heladas de Phendrana al mismo tiempo que va recuperando su equipo.
Tras recuperar su equipo y adquirir numerosas mejoras, entre ellas un traje mutado con el propio Phazon, y desbaratar los proyectos de los piratas espaciales Samus se lanza a la búsqueda de los doce artefactos Chozo necesarios para abrir la entrada al cráter del impacto para así encontrarse con el origen de todos los problemas e intentar buscar una solución.
Tras una dura batalla Samus logra derrotar a la criatura y huir del cráter.
En su intento por escapar Samus es temporalmente retenida por los restos moribundos del Metroid Prime que le quitan su traje de Phazon.
Realiza un aterrizaje forzoso y la nave queda inutilizada, la cual rápidamente inicia el lento proceso de autorreparación.
Samus, por supuesto, acepta la misión y rápidamente se pone manos a la obra abandonando el cometido de la Federación Galáctica, pues poco podía hacer por la ya derrotada armada federada.
Nuevamente los piratas espaciales están haciendo lo imposible por estudiar y sacar el máximo partido al Phazon, mienttas que Samus Oscura se dedica a alimentarse de la sustancia.
Una vez derrotado Samus adquiere la última fuente de energía, por lo que Éter Oscuro entra en un estado inestable y se inicia la cuenta atrás para su destrucción.
Así lograron los piratas infiltrarse en la red de la Federación e implantar el virus.
Samus baja al planeta y consigue resolver los problemas para volver a accionar el arma con la ayuda de los otros cazadores.
No obstante la misión dista de ser fácil pues Samus debe compartir contra un batallón de piratas y tecnología pirata y nuevamente hacer frente a su archienemigo: Meta Ridley.
Una vez allí y a punto de cumplir con su cometido los cazarrecompensas son atacados por la resucitada Samus Oscura, más fuerte que nunca.
Afortunadamente una muribunda Samus logra accionar el arma y evita que un meteorito cargado de Phazon haga blanco en Norion.
Tras recuperarse Samus acude a una reunión con la UA 242 de la Olimpo que quería reunirse con ella.
Samus tiene una nueva misión: la UA informa de en los planetas Bryyo y Elysia ha chocado un meteorito.
En este planeta debe desactivar las fuentes de energía que proporcionan escudo al leviatán, destruirlo y encontrar a Rundas.
Se ha establecido contacto con él, pero lejos de alegrarse, Rundas ataca a Samus.
Samus prosigue con su misión y tras un duro trabajo accede al leviatán donde debe enfrentarse a un gólem de guerra reptilicus llamado Mogenar.
pero en la atmósfera del planeta flota Cielolab, un enorme centro de investigación creado por los Chozos.
Habiendo abandonado Cielolab, las instalaciones están pobladas solo por los Elysios, seres mecanoides creados por los Chozo.
Con todo en orden la UA comunica a Samus que debe construir y lanzar una bomba sobre el leviatán para anular su escudo.
tras destruir el leviatán del planeta pirata y acabar con el ejército del lugar gracias en parte por un ataque planeado por la Federación, ésta y Samus se ponen manos a la obra para llegar a Phaaze.