Michael Hayden nació en Pittsburgh, Pensilvania, donde su padre trabajó como soldador para una empresa manufacturera.
Se graduó en una escuela católica de la ciudad.
Obtuvo un título universitario en Historia en 1967 y una Maestría en Historia estadounidense moderna en 1969, ambos títulos de la Universidad de Duquesne, todo esto mientras trabajaba tiempo parcial como taxista para costearse los estudios.
Fue quién hizo público las Joyas de la Familia.
Está casado y tiene 3 hijas con su esposa Jeanine.