Al salir de prisión ya no regresó a Lochau, ni tampoco realizó más vaticinios con su método.
En 1559 la Universidad de Jena le contrató para enseñar Matemáticas y Geometría.
Contiene muy importantes innovaciones en notación matemática, entre ellas el primer uso de multiplicación por yuxtaposición (sin el símbolo entre los factores) en Europa.
En su obra trata los números negativos a los que llama numeri absurdis.
En su época dichos números eran considerados ilógicos y extravagantes, sin embargo Stifel los utiliza sin diferenciarlos de los positivos.