Microsporidium es un género de hongos microsporidios que es patógeno para humanos y otros animales.
Es un parásito intracelular que requiere de las células animales para su reproducción y así poder distribuir sus esporas.
Se han descrito alrededor de 118 especies.
Causa la microsporidiosis, una enfermedad que afecta principalmente a niños y pacientes con inmunodeficiencia, que produce vómitos y diarreas que pueden llegar a ser crónicas.
Microsporidium se transmite por el consumo de aguas contaminadas, inhalación de esporas, el contacto con enfermos y animales enfermos.