Recién graduado decidió dedicarse a la docencia médica.
El titular de la cátedra era el sabio italiano Antonio Raimondi, convocado por Heredia para la enseñanza de las ciencias naturales, con quien trabajaría durante muchos años.
Ante los repetidos viajes de Raimondi al interior del Perú para realizar sus estudios, Miguel Colunga lo reemplazó en la Facultad de Medicina.
En 1869 el doctor Colunga fue incorporado como Socio Protector a la Sociedad Amantes de la Ciencia.
En 1886 fue elegido diputado por Lima, cargo que ejerció hasta 1894[1][2][2]