A partir de ese momento comenzó su educación en diversos colegios.
[1] En 1661 el recién nombrado cronista mayor de Aragón, Francisco Diego de Sayas, se puso enfermo y la Diputación de Aragón buscó a Zapater para ocupar el cargo mientras Sayas no se recuperase: «[...] y habiendo en este tiempo determinado los diputados que la continuación de la historia fuese menos detenida y se adelantase en lo posible en los reinados siguientes, quedó a cargo del cronista ordinario una parte, y la otra a la del maestro Zapater.»[1] De Sayas recuperó la salud y retomó su cargo, para volver a caer enfermo en 1664 y ser sustituido temporalmente por José Fernández.
De Sayas tuvo que dejar el cargo en 1669, siendo sustituido por Juan José Porter y Casanate.
La apreciación por su conocimiento y su labor llevaron al monasterio a encargar un retrato con la inscripción «Rvdmus P.M.D.F.
Michael Zapater, filius Rotae, historiografus Regis, Regni et Religionis Salmanticae theologiae Lector mandavit praelo tomum de Císter Militante alium de Historiae Regni».